Структура МРОМ зависит от поставленных целей. Если мечеть расположена в небольшом районе и рассчитана на небольшое число прихожан, то деятельность имама и актива прихожан будет заключаться, в основном, в оказании религиозных услуг. Имам, будучи религиозно образованным человеком, в состоянии организовать при мечети курсы по основам ислама, проводить небольшие праздники и конкурсы. В данных условиях структура МРОМ будет минимальной, в основном, это имам и муаззин. В этом случае имам ведет религиозную, просветительскую, проповедническую и административную деятельность, а муаззин, преимущественно, — хозяйственную. Все молитвы, в основном, имам читает лично. Муаззин обычно произносит азан, а в случае отсутствия имама по согласованию с ним проводит молитвы. Несколько активных прихожан в помощь имаму и муаззину могут также участвовать в жизни организации как волонтёры.
Если мечеть расположена в крупном районе, то ее функции значительно расширяются. В такой мечети, помимо оказания религиозных услуг, должны обязательно проводиться постоянные занятия по основам ислама, вестись работа с различными возрастными и социальными группами прихожан. Желательно, чтобы был второй имам и муаззин. Кроме этого, при мечети можно организовать отделы, например, отдел работы с детьми и молодежью, отдел работы с женщинами, благотворительный отдел. Последнему также можно поручить работу с людьми старшего поколения. Допускается, если один человек будет вести несколько направлений. Помимо руководителей отделов, этой общине также требуется актив из пожилых прихожан, составляющих совет старейшин общины. Такой МРОМ в состоянии организовывать крупные религиозные праздники, конкурсы на знание основ ислама, чтения Корана, азана, совершения намаза и др. Данному приходу может понадобиться бухгалтер, а, в некоторых случаях, и юрист.
В центральных городских мечетях обычно располагается аппарат муфтията, поэтому мечеть ведет свою деятельность параллельно с деятельностью ЦРО. Соответственно, структурные подразделения МРОМа и муфтията, а также прихожане, привлеченные к деятельности общины, ведут работу обеих организаций. Структура может выглядеть следующим образом: совет муфтията, отдел образования, совет старейшин, отдел СМИ, ревизионная комиссия. Наряду с упомянутыми отделами, при мечети может существовать группа временного пребывания для детей дошкольного возраста и медресе.
Таким образом, имаму необходимо правильно оценить поле деятельности, ресурсы своей общины, определить цели работы и, исходя из этих данных, выстраивать структуру общины.
Работу имама может значительно облегчить подготовка должностных инструкций для сотрудников МРОМ. Имам может это делать как самостоятельно, так и совместно с исполнителями. В этом случае всем сотрудникам будут ясны их обязанности и направление деятельности.